El Gran Mestre de l’escola Bujinkan és el 34è Soke Dr. Masaaki Hatsumi qui va rebre del seu Sensei, el 33è Soke Toshitsugu Takamatsu Uo, les ensenyances i autoritat per transmissió directa en un llinatge de vàries generacions. El Sistema d’art marcial Bujinkan Ninpo Budô Taijutsu o també conegut com a Ninjutsu Budo Taijutsu es basa en un programa d’ensenyament que engloba els tres elements importants de la persona humana, com són: El Cos, La Ment i l’Esperit. 

Aquest programa d’entrenament està dividit en Graduacions anomenades Kyu (sub-graus) i Dan (Graus o cinturons negres) i es basa inicialment en el que es denomina el Ten Chi Jin Ryaku No Maki "El Llibre del Cel, la Terra i l’Home". La seva collecció de tècniques són la compilació de las nou escoles i formen l’estructura tècnica d’entrenament fins a 4t Dan (cinturó negre quart grau). 

L’entrenament comentça amb tècniques de protecció física per després endinsarse en nivells més alts d’entrenament que permet al practicant manipular perilloses situacions molt abans que aquestes arribin a una situació greu. El Dr. Hatsumi va establir el Bujinkan Dôjô ("Saló d’entrenament del Guerrer Diví"), amb el propòsit d’oferir la verdadera ensenyança original del guerrer japonès amb seguidors a tot el món. 

L’efectividat de les tècniques de combat i el propòsit d’Il.luminació individual, són les grans fites d’entrenament en els Dojos. Com una part de l’entrenament, l’estudiant serà guiat a través d’experiències dissenyades per ajudarlo a aconseguir l’essència del Ninjutsu: L’Art de Guanyar. 

Al Perú, Bujinkan va ser introduit a començaments de la dècada dels 80  per el Shidoshi Juan Ramón Rodríguez Flores, fundant Bujinkan Perú Dôjô (abans Sociedad Bujinkan) des del 31 d’Agost de 1985. Avui, amb més de 24 anys de labor de difussió, és la primera i més  important organització d’estudiants al pais, del verdader art del Ninjutsu Budo Taijutsu.