Este fenómeno de mal interpretación fue causado sin duda por los antiguos historiadores japoneses, quienes desde luego eran parte del régimen estructurado SAMURAI, por lo tanto, desaprobarían cualquier acto de oposición al régimen dominante. Si los Samurai debían ser vistos como los guardianes del orden y la justicia, entonces, los Ninjas debían ser los malos, asaltantes y asesinos.

Si la obediencia absoluta y el clasismo radical fueron pilares de la sociedad japonesa feudal, entonces la libertad absoluta del Ninja, su armonía total con la naturaleza y su integridad personal, tenían que ser vistas como una conducta inmoral antisocial.

Este penoso malentendido, desgraciadamente ha persistido hasta nuestros días, desde prestigiosos historiadores hasta escritores fantásticos del periodo post-feudal japonés, han creado un mito de maldad y distorsionado la figura del Ninja, para de esta manera glorificar y ensalzar la mentalidad Samurai. Esta actitud pro-samurai y anti-ninja se recalcó durante la Segunda Guerra Mundial, durante la cual la obediencia ciega y total (la forma de pensar del Samurai), era dignificada y requerida por parte de los militares, que habían tomado control de la nación, mientras que la libre autodeterminación del guerrero clásico (forma de pensar del Ninja), era temida y prohibida.

Esta actitud prevaleció aún después de la 2da guerra, estancada en los corazones y mentes de la guardia vieja, tradicionalistas cabeceras del arte marcial en Japón. Hoy en día, novelas de aventura, películas e incluso en series televisivas, no dudan en colocar al Ninja en cualquier rol para personajes siniestros, ruines con propósitos malévolos.

Como un ejemplo podíamos decir, desde el punto de vista de la perspectiva, no hay absolutos, incluso los padres de nuestra patria y los precursores de la independencia, fueron tildados de salteadores, rebeldes y asesinos por el poder realista español de ese tiempo.