En el Perú

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A comienzos de los 80’ Juan Ramón Rodríguez Flores era integrante Directivo de varias organizaciones a nivel nacional e internacional de artes marciales. Su inquietud por la docencia y la organización de estas disciplinas lo llevaron a relacionarse con personas muy compenetradas a las artes marciales y la tradición japonesa, y es por intermedio de estas personas que llega a saber que el Ninjutsu era un arte vivo, que no había desaparecido y se une a Shadows of Iga para fundar el 31 de Agosto de 1985 la primera escuela de Ninjutsu, registrándola inicialmente como Sociedad Bujinkan .

Posteriormente habiéndose desvinculado la escuela de Stephen K. Hayes y Shadows of Iga de la organización mundial de Bujinkan para abrir su propio sistema, en 1998 Juan Ramón Rodríguez pasó a estar bajo la tutela del Shihan Peter Carlsson de Bujinkan Suecia y desde el 2006 conjuntamente con el Shihan Jordi Pagès de España, con la finalidad de mantenerse en el cauce original del arte, cambiando el nombre de la institución de Sociedad Bujinkan a Bujinkan Perú Dôjô para estar de acorde con la organización mundial.

En agosto del 2013 Juan Ramón Rodríguez Flores alcanza el decimoquinto Dan de Bujinkan, convirtiéndose así en el primer peruano en obtener el título de Shihan Jugodan de esta organización.

Actualmente, Bujinkan Perú Dôjô es la primera y más importante organización a nivel nacional dedicada a la auténtica enseñanza de la tradición guerrera conocida como Bujinkan Budô Taijutsu.